2002年4月9日，水利部發(fā)出了關于印發(fā)中國水功能區(qū)劃（試行）的通知，通知提出了具體實施意見，原則同意《區(qū)劃》成果及目標要求，并要求各流域機構，各省、自治區(qū)、直轄市水利（水務）廳局認真組織實施。這一通知的發(fā)出標志著《中國水功能區(qū)劃》正式在全國范圍內實施。
　　隨著我國經濟社會的發(fā)展和城市化進程的加快，水資源短缺、水體污染嚴重已經成為制約國民經濟可持續(xù)發(fā)展的重要因素。2000年全國廢污水排放總量620億噸，大部分未經充分處理直接排入江河湖庫。在11.36萬公里評價河長中，水質為Ⅳ類及劣于Ⅳ類的占37.6%，其中以遼、黃、海、淮河水污染最為嚴重。53%近海海域受到污染，一些城市的供水水源地水質惡化，直接影響到人民健康。在當前的水資源保護及管理中，由于沒有明確各江河湖庫水域的功能，造成供水與排水布局不盡合理；開發(fā)利用與保護的關系不協(xié)調；水域保護目標不明確；水資源保護管理的依據(jù)不充分；地區(qū)間、行業(yè)間用水矛盾難以解決等問題。為保障國民經濟可持續(xù)發(fā)展，必須強化水資源保護、積極防治水污染。
　　黨的十五屆五中全會指出：“水資源可持續(xù)利用是我國經濟社會發(fā)展的戰(zhàn)略問題。”《中共中央關于制定國民經濟和社會發(fā)展第十個五年計劃的建議》把節(jié)約和保護水資源作為一個戰(zhàn)略問題，明確指出: “全面規(guī)劃，統(tǒng)籌兼顧，標本兼治，綜合治理。堅持興利除害結合，開源節(jié)流并重，防洪抗旱并舉，下大力氣解決洪澇災害、水資源不足和水污染問題。”江澤民在中央人口資源環(huán)境工作座談會上強調，水是基礎性的自然資源和戰(zhàn)略性的經濟資源。水資源的可持續(xù)利用，是經濟和社會可持續(xù)發(fā)展極為重要的保證。
　　水利部黨組針對新世紀水利工作面臨的形勢，提出了要從工程水利向資源水利、從傳統(tǒng)水利向現(xiàn)代水利、可持續(xù)發(fā)展水利轉變的新時期治水思路。通過水資源的開發(fā)、利用、治理、配置、節(jié)約、保護，以水資源的可持續(xù)利用保障經濟社會的可持續(xù)發(fā)展。把提高水資源的承載能力，提高水資源利用效率，減少水環(huán)境污染，促進水資源優(yōu)化配置，加強水資源科學管理放到重要位置，對水資源保護和管理工作提出了更高、更迫切的要求。水功能區(qū)劃工作正是在上述形勢下提出和開展起來的。
　　水功能區(qū)劃從合理開發(fā)和有效保護水資源的角度，依據(jù)國民經濟發(fā)展規(guī)劃和水資源綜合利用規(guī)劃，全面收集并深入分析區(qū)域水資源開發(fā)利用現(xiàn)狀和經濟社會發(fā)展需求，以流域為單元，科學合理地在相應水域劃定具有特定功能、滿足水資源開發(fā)、利用和保護要求并能夠發(fā)揮最佳效益的區(qū)域（即水功能區(qū)）；確定各水域的主導功能及功能順序，確定水域功能不遭破壞的水資源保護目標。在水功能區(qū)劃的基礎上，可提出近期和遠期不同水功能區(qū)的污染物控制總量及排污削減量，為水資源保護提供制定措施的基礎；制定水功能區(qū)管理辦法，為水資源保護監(jiān)督管理提供依據(jù)。水功能區(qū)劃是全面貫徹水法，實踐新時期治水思路，實現(xiàn)水資源合理開發(fā)、有效保護、綜合治理和科學管理的重要的基礎性工作，對我國保障經濟社會可持續(xù)發(fā)展、環(huán)境保護和生態(tài)建設具有重大意義。
　　據(jù)此，水利部于于2000年2月組織各流域機構、省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市全面展開水功能區(qū)劃工作。
　　2000年12月，水利部召開了《全國七大流域（片）水功能區(qū)劃報告》專家座談會。根據(jù)專家座談會意見，在各流域編制的水功能區(qū)劃成果基礎上編制完成了中國水功能區(qū)劃報告。按照全國水功能區(qū)劃技術體系的統(tǒng)一要求，全國選擇1407條河流、248個湖泊水庫進行區(qū)劃，共劃分保護區(qū)、緩沖區(qū)、開發(fā)利用區(qū)、保留區(qū)等水功能一級區(qū)3122個，區(qū)劃總計河長209881.7km。在水功能一級區(qū)劃的基礎上，根據(jù)二級區(qū)劃分類與指標體系，在開發(fā)利用區(qū)進一步劃分飲用水源區(qū)、工業(yè)用水區(qū)、農業(yè)用水區(qū)、漁業(yè)用水區(qū)、景觀娛樂用水區(qū)、過渡區(qū)和排污控制區(qū)共七類水功能二級區(qū)。在全國1333個開發(fā)利用區(qū)中，共劃分水功能二級區(qū)2813個，河流總長度74113.4km。
　　2002年1月21～22日，水利部在北京召開了《中國水功能區(qū)劃》審查會。中國科學院和中國工程院院士及有關部門的專家和代表參加了會議。會議認為：“水功能區(qū)劃是實現(xiàn)水資源合理開發(fā)、有效保護、綜合治理和科學管理的極重要的基礎性工作。水功能區(qū)劃的提出，將對經濟社會發(fā)展和環(huán)境建設具有重大意義。區(qū)劃工作是在全面收集并深入分析我國水資源開發(fā)利用現(xiàn)狀，充分吸取以往科研與規(guī)劃成果的基礎上進行的。區(qū)劃的指導思想正確，編制原則明確，區(qū)劃結構合理，技術路線正確。區(qū)劃成果客觀地反映了我國水資源開發(fā)、利用現(xiàn)狀與經濟社會發(fā)展的關系；體現(xiàn)了水資源的優(yōu)化配置和積極保護需要、體現(xiàn)了人與自然和諧相處、協(xié)調發(fā)展的需要；為統(tǒng)一規(guī)劃和保護水資源提供了科學依據(jù)。區(qū)劃成果經進一步的完善和修訂后，可作為編制全國水資源保護規(guī)劃的基礎和進行水資源管理的依據(jù)。”